Dzieje wsi Ptaszkowa są ściśle związane z historią i ożywionym osadnictwem na Ziemi Sądeckiej. Rezultatem tej akcji było powstanie szeregu miast i wsi. Na 3 lutego 1336 roku przypada założenie wsi Ptaszkowa. W tym to roku, żona Władysława Łokietka – Jadwiga obdarza wójta sądeckiego Mikołaja de Mestaza lasem nad Czarną Kamionka, i zezwala na założenie wsi na prawie magdeburskim oraz nadaje mu sołectwo. Ponadto uwalnia mieszkańców na 20 lat od płacenia podatków. Wójt sądecki Mikołaj gubi jednak ten przywilej i dopiero Zofia – Królowa Matka – potwierdza i powtarza na podstawie tekstu zaczerpniętego z metryki swej kancelarii przywilej następującej treści: „…Zofia Królowa Polski i Pani na Sączu za zgodą swego syna Kazimierza Króla Polskiego nadaje Mikołajowi – wójtowi – 21 łanów frankońskich na założenie wsi…”, z których aż 2 stanowiło uposażenie sołtysa wraz z dochodami z karczm, młynów i 1/6 czynszów. Wysokość czynszów z łanów kmiecych określono 8 skojców rocznie. W ramach porządkowania państwa, Kazimierz Wielki po raz drugi zakłada wieś Ptaszkowa, nadając jej 22 maja 1359 roku nowy akt erekcyjny. „W imię Boże! Amen. My Kazimierz Król Polski jako też Pan i Dziedzic…, …aby powaga naszego Królestwa rosła podajemy do wiadomości wszystkich pokoleń tak teraźniejszych jak i przyszłych, że pragniemy, aby nasze Królestwo przez wykorzenienie gajów większymi postępkami odnowić, gdyż z opisanych miejsc większy pożytek mieć będziemy. Dlatego bacznemu Mikołajowi de Mesteza i jego dziedzicom dajemy prawo do osadzenia nowej wsi, która jego imieniem zwać się powinna MESTEZA, na prawach niemieckich -magdeburskich i pozwalamy wykorzenić dla niej 21 łanów frankońskich z lasów, które leżą koło tzw. rzeki Ptaszków”. Sołtys uposażony został 2 łanami wolnymi i otrzymał prawo założenia karczmy, młyna, sadzawki, prowadzenia piekarni, rzeźni itp. Zgodnie z przyjętą zasadą miał otrzymywać co 3 denar z kar sądowych oraz co 6 z czynszów. Przewidziano wydzielenie jednego łanu wolnego oraz drugiego pod pastwisko (scotnica) dla mającego powstać kościoła. Osadnicy otrzymali 20-letnią wolniznę. Po jej upływie winni byli płacić 10 skojców czynszu z łana rocznie oraz po 1 mierze żyta, pszenicy i owsa, prócz tego po 2 skojce z łana dziesięciny polowej oraz zwyczajowe podarki. Na koniec sołtys był zobowiązany wyruszać na wyprawę wojenna w pancerzu razem z jednym kusznikiem.
Po roku 1359 przez długi okres nie pojawiają się w źródłach wzmianki o Ptaszkowej. Tylko w roku 1415 mamy wiadomość, że w akcie sprzedaży 4 części wójtostwa sądeckiego Mikołajowi Strelicz przez Katarzynę Trewstyl jako łącznik sądu wyższego prawa niemieckiego okręgu sądeckiego uczestniczył sołtys Stanisław de Ptaschnycowa, którą należy identyfikować z Ptaszkowa. Nazwa Mesteza zanika całkowicie, a potwierdzenie funkcjonowania nazwy Ptaszkowa w XV wieku znajdujemy w opisie granic nowo – lokowanej wsi Cieniawa w 1464 roku.
W XV i XVI wieku wieś należała do starostwa sądeckiego. Liczniejsze źródła o niej pojawiają się dopiero w XVI wieku. Kodeks Dyplomatyczny Małopolski (tom III str. 126 i 192 – 193) wspomina osadnika – dzierżawcę o przezwisku Ptaszek lub Ptasznik, który mieszkał nad rzeką Ptaków (dziś Pławianka) i był ptasznikiem królewskim. Te same źródła mówią, że …na terenie istniała jeszcze druga wieś, o nazwie Pławna. Pierwsza wzmianka o niej notowana jest w roku 1336, a ostatnia w 1581. Dzisiaj ta część znajduje się w granicach Ptaszkowej, pozostała po niej tylko nazwa potoku Pławianka. Król w akcie lokacyjnym przewidział uposażenie parafii, ale do jej erekcji w XIV i XV wieku nie doszło. Ptaszkowa podlegała parafii grybowskiej. W połowie XVI wieku, Jan Kukła z Grybowa, wybudował tu kościół, a w roku 1555 sołtys i chłopi z Ptaszkowej i Pławnej uposażyli swoją parafię, której istnienie jest potwierdzone źródłowo w roku 1560. Z nie znanych nam powodów w roku 1721 ksiądz Biskup zawiesił istnienie parafii, a kościół w Ptaszkowej stał się kościołem filialnym parafii grybowskiej na okres blisko 200 lat. Dopiero 11 marca 1911 roku Ksiądz Biskup Leon Wałęga ponownie erygował parafię w Ptaszkowej, z nieusuwalnym proboszczem. Pierwszym proboszczem w nowoerygowanej parafii został ksiądz Ignacy Kołodziej W roku 1929, za zgodą Kurii Diecezjalnej w Tarnowie oraz konserwatora zabytków, ksiądz proboszcz J. Pykosz rozbudował kościół wg projektu architekta z Warszawy prof. Zdzisława Mączeńskiego (twórcy kościoła w Grybowie i Limanowej), który poza przygotowaniem projektu, także nadzorował rozbudowę. Kościół otrzymał kształt krzyża i powiększył się prawie dwukrotnie. Wg jego projektu wybudowano również dzwonnicę z kamienia. W roku 1930 artysta dr Józef Dutkiewicz wykonał w kościele nową polichromię nadając mu styl XVI wieczny, gdyż fragmenty najstarszej polichromii pochodziły z XVI wieku. W latach 50 naszego wieku kościół został zelektryfikowany i zradiofonizowany, a w latach 70 wykonano centralne ogrzewanie i odmalowano go. W roku 1993 ołtarz główny z cudownym obrazem Matki Boskiej Ptaszkowskiej otrzymał złocenia.
W roku 1509 Król Zygmunt odebrał sołectwo w Ptaszkowej sołtysowi Mikołajowi, jako karę za niestawienie się na wyprawę wojenną przeciw Mołdawii i nadał je Janowi Wielopolskiemu. Mikołaj zdołał wybronić swój stan posiadania, gdyż w roku 1517 i w latach następnych nadal funkcjonuje w Ptaszkowej sołtys o tym imieniu. Ptaszkowa była wsią królewską i wchodziła w skład majętności stanowiących uposażenie starostów sądeckich. Stąd też poddani ptaszkowscy podlegali jurysdykcji królewskiej. Akt erekcyjny tak o tym mówi: „…Nadto wyjmujemy wszystkich mieszkańców pomienionej wsi od wszystkich sądów jurysdykcji i od wszystkich niewodów, kasztelanów, sędziów, podsędków, sług i sług innych, którzy przez nich pozwani za jakiekolwiek sprawy wielkie lub małe bynajmniej odpowiadać nie będą powinni, ale tylko przed ich sołtysem, a sołtys przed nimi tylko albo przed naszym sędziom, gdy przez nas pozwany mandatem będzie Sprawy zaś wszelkie popełnione ten sołtys z ławnikami do tego wyznaczonymi będzie sądził, zachowa prawo, potępi, ukarze lub uniewinni, formę prawa niemieckiego zachowawszy…”.
Sołtys Ptaszkowej 27 lipca 1517 roku zaprowadził Księgę Sądową Wsi Ptaszkowa. która dzisiaj jest cennym źródłem dla poznania ówczesnych stosunków wiejskich. Dokument ten początkowo pisano po łacinie, a od 1557, z małymi wyjątkami, w języku polskim. Wiadomości zawarte w tej księdze rzucają nieco światła na stosunki majątkowe, obyczajowość i szerzej rozumiane problemy życia codziennego chłopów ptaszkowskich w okresie od XVI do XVIII wieku.
Od drugiej połowy XVI wieku sołtys od nazwy wsi przyjął nazwisko Ptaszkowski. Rozprawy sądowe odbywały się w domu sołtysa, który wyroki ferował wraz z wójtem i siedmioma przysiężnymi (ławnikami). W razie potrzeby w rozprawie brał udział starosta lub podstarości sądecki. Ławnicy swoje funkcje sprawowali 20-30 lat, a powoływani byli z bardziej znanych i zasiedziałych rodzin. Wymiar sprawiedliwości miał charakter postępowania jawnego, rozpatrywano sprawy karne i cywilne. Mieszkańcom Ptaszkowej w 1609 roku ogłoszono swoisty kodeks karny, którym mieli się kierować, aby nie znaleźć się przed obliczem miejscowego sądu. „Każdy zatem gospodarz i czeladnik obowiązkowo musiał w każdą niedzielę i święto uczestniczyć w kościelnym nabożeństwie – odstępstwo karane miało być funtem wosku złożonego do kościoła parafialnego. Nie wolno było również bez zgody sołtysa sprzedawać ani zastawiać pola, siać, wyrąbywać lasów”. Dalej stwierdzano, iż „kto by w karty grał winę ponosi” (czyli płaci karę i grzywnę i dodatkowo 6 groszy dla sołtysa). Zapisano również, by „karczmarze i karczmarki nie borgowały piwa gospodarzom tylko za trzy grosze, a na święta, aby piwa w naczyniach dawali także i gorzałki czeladzi, i synom młodym nie będącymi gospodarzami, aby nie borgowali pod karą l grzywny i 2 florenów”. Zakazano stawiania budynków na tzw. nawsiu, czyli wspólnym gromadzkim pastwisku, pożyczania pieniędzy pod zastaw ziemi, wyorywania miedz, oszukiwania czeladzi służebnej, polowania w lasach królewskich. Pod karą śmierci zakazano strzelać do siebie z rusznic, szczególnie w karczmie.
Transakcje kupna i sprzedaży oraz spadki przynoszą dane pozwalające ocenić stopień dużej zamożności mieszkańców Ptaszkowej. Zachowane w księdze nazwiska sołtysów, wójtów, podwójcich, ławników oraz występujących jako strony wieśniaków z Ptaszkowej i okolicy, świadczą o czysto polskim charakterze osadnictwa wsi. Daje się zauważyć zupełny brak nazwisk o brzmieniu niemieckim, włoskim i innym. Brak jest dokładniejszych danych na temat liczby ludności Ptaszkowej na przestrzeni dziejów, ale wiemy z aktu lokacyjnego, w wolnej wsi Ptaszkowa osadziło się 27 osadników (rodzin). Od nazwisk i przezwisk tych rodzin pochodzą nazwy ról, czyli dzisiejszych przysiółków, np.: Barcokówka, Bochenówka, Fugierówka, Gryblówka, Kiełbasówka, Kruczkówka (dziś Zawsie), Matusówka, Michalikówka, Muchówka Niżna i Wyżna, Synowcówka, Tokarzówka, Waniówka, Wójciakówka, Ziółkówka itp. Pod koniec XVI wieku wg Rocznika Diecezjalnego liczba ludności wynosiła 379 głów, natomiast w roku 1693 wzrosła do 604. W Rocznikach Diecezjalnych podane są dane liczbowe mieszkańców Ptaszkowej w następnych latach: 1766 – 739, 1800 – 1032, 1850 – 1303, 1900 – 1529.
Mieszkańcy Ptaszkowej byli ludźmi wolnymi, mogli zmieniać miejsce zamieszkania i nie musieli odrabiać pańszczyzny, dlatego oprócz pracy na własnym gospodarstwie najmowali się do różnych prac poza obrębem własnej wsi za odpłatnością przeciętnie jednej grzywny za dzień. Założenie Ptaszkowej na trasie między Nowym Sączem – Grybowem – Bieczem nie zawsze było korzystne. Bardzo często, w wiekach XVII, XVIII, XIX, spokojną pracę Ptaszkowian przerywały wojny, przemarsze i stacjonowanie różnych wojsk – powodując zniszczenie dobytku, zubożenie mieszkańców. W 1772 roku Ziemia Małopolska, a z nią Ptaszkowa, dostały się pod zabór austriacki. Nowi władcy tej części Polski starają się wszystko zmieniać i reformować na swoją modłę. Władza administracyjna Austrii wkraczała w każdą dziedzinę życia ludności i gospodarki tej dziedziny, aby móc łatwiej wyciągnąć jak największe korzyści z jej eksploatacji. W tym celu rząd C.K. Austrii wydał cały szereg dostosowanych do swoich potrzeb norm prawnych.
Po pierwszym rozbiorze Polski rząd austriacki potrzebując pieniędzy na prowadzenie wojen, postanowił sprzedawać dobra królewskie. Wtedy właśnie część Ptaszkowej zakupiła rodzina Podoskich. W odległości około 150 metrów od kościoła zbudowano dwór. Przez ponad 100 lat Podoscy mieszkali i gospodarzyli w Ptaszkowej, aż do 6 lipca 1896 roku, kiedy to po uroczystości prymicyjnej księdza Władysława Bojarskiego – syna organisty – zmarł właściciel dworu Hilary Junosza Podoski. Po jego śmierci majątek Podoskich został rozparcelowany i wykupiony przez włościan.
Ze względów gospodarczych i militarnych, w początkach drugiej połowy XIX wieku, rozpoczęto budowę linii kolejowej na trasie Tarnów – Grybów – Ptaszkowa – Nowy Sącz – Leluchów. Przy budowie kolei pracę znalazła miejscowa ludność i to były pierwsze kontakty pracownicze Ptaszkowian z koleją. Wielu właścicieli gruntów uzyskało nie tylko pracę, ale i korzystne ceny ze sprzedaży ziemi pod tor kolejowy. Główny linia z Tarnowa do Nowego Sącza została otwarta 18 września 1876 roku, a w samym sercu Ptaszkowej otwarto stację kolejową. W czasie II wojny światowej budynek stacji został zniszczony przez Niemców i przez pierwsze lata po wyzwoleniu mieścił się w baraku, a następnie w strażnicy Nr 72. W niedługim czasie władze kolejowe zleciły inż. Remiemu z Nowego Sącza opracowanie projektu nowego budynku stacji z elementami architektury regionalnej. Budynek został wybudowany i oddany do eksploatacji w 1948 roku. Mieszkańcy Ptaszkowej nie stracili kontaktu z koleją. Pracowali nie tylko przy jej budowie, ale po jej oddaniu do eksploatacji podjęli pracę w ruchu, a po wybudowaniu Zakładów Naprawczych Taboru Kolejowego w Nowym Sączu, podjęli pracę również w tych zakładach i do dziś stanowią pokaźną część załogi. Ptaszkowa stała się wsią kolejarską, obok rolnictwa praca w PKP i ZNTK stała się głównym źródłem dochodu mieszkańców.
Kultura i Oświata mieszkańców Ptaszkowej ściśle była związana z kościołem. Już w roku 1596 zanotowano wzmiankę o istnieniu pierwszej szkoły parafialnej w Ptaszkowej, w której naukę pobierały dzieci kmieci za wynagrodzeniem w naturaliach lub gotówce dla prowadzącego naukę organisty, który uczył tylko czytania i rachowania. Nauka odbywała się w domu organisty. Dzieci posyłał ten co chciał i kto mógł płacić za naukę. Tak było z przerwami do połowy XIX wieku. W 1839 roku staraniem księdza Ignacego Kutza i księdza Augustyna Wójtowicza pierwszy budynek szkoły poza Grybowem otrzymała Ptaszkowa (była to nowa organistówka z dobudowaną salą do nauki). Od tego czasu nauka czytania i liczenia była obowiązkowa, ale za wynagrodzeniem od rodziców. Na specjalne żądanie rodziców i za dodatkowym wynagrodzeniem, uczono również pisania. Po śmierci księdza Wójtowicza – nowy ksiądz Walenty Kozak uczył dzieci czytać, liczyć i pisać oraz pszczelarstwa i sadownictwa. Ksiądz Kozak, jako radny gminy Grybów sprawił, że gmina co roku wypłacała organiście za naukę 40 zł, a dwór dawał dodatkowo co roku – przez 12 lat – 4 sagi drzewa na opał. W roku 1877 C.K. Rada Szkolna Okręgowa w Nowym Sączu zreorganizowała szkołę na etatową, a nowy nauczyciel – organista Jan Bojarski – otrzymał „dekret mianowania” na nauczyciela od 5 września 1878 roku z wynagrodzeniem 200 zł rocznie. Nadzór nad szkołą początkowo sprawował ksiądz, a później od 1 grudnia 1870 roku Rada Szkolna w składzie: ksiądz, nauczyciel, wójt i przełożony obszaru dworskiego. Liczba dzieci pobierających naukę szkolną rosła z roku na rok (25 czerwca 1891 roku – 194 dzieci). W roku 1884 założono czytelnię (bibliotekę) ludową wspomaganą przez Krakowskie Towarzystwo Oświaty Ludowej, Kółko Rolnicze i Hilarego Podoskiego. W latach 1891-92 CK. Rada Szkolna Krajowa ufundowała Ptaszkowej nowy murowany budynek szkolny o 2 izbach lekcyjnych i przemianowała szkołę na 2-klasową, a z początkiem XX wieku na szkołę 6-klasową. Następnie wybudowano drugi budynek. Szkoła Nr 2, która obecnie jest już wybudowana. Szkoła Podstawowa Nr 1 w dalszym ciągu dynamicznie rozwijała się i nie wystarczał jej już macierzysty budynek.
W latach 1959-61 staraniem Władysława Janasa, Tadeusza Wysowskiego i Kazimierza Węglarskiego przy dużym udziale czynów społecznych ludności, wybudowano nową jednopiętrową szkołę 1000-lecia, którą następnie w latach 1968-69 podniesiono o II piętro.
Ptaszkowianie to lud dumny, pracowity i gospodarny, toteż przy nadarzającej się okazji wykorzystali koniunkturę okresu powojennego dla rozwoju wsi. Zaraz po zakończeniu II wojny światowej, w 1945 roku zakupili dom połemkowski, przywieźli go do Ptaszkowej i urządzili w nim przedszkole Nr 1. W tym samym roku założyli bibliotekę wiejską i doprowadzili telefon do wsi. W 1952 roku zapalona sportowo młodzież wybudowała drewnianą skocznię narciarską. W 1953 przeprowadzono radiofonizację przewodową i zmeliorowano 153 ha łąk. Rocznicę 600-lecia (1959) swojej wsi Ptaszkowianie obchodzili po raz pierwszy przy lampach elektrycznych. W latach następnych wybudowano i oddano do użytku: remizę OSP, pierwszy w powiecie sklep samoobsługowy, wodociągi lokalne w kilku przysiółkach, restaurację Jaworzyna – na jej bazie uruchomiono wczasy pod gruszą dla 70 rodzin, ośrodek zdrowia, kilka nowych mostów i wiele kilometrów dróg. W latach 80 przeprowadzono gazyfikację wszystkich budynków. Wszystkie osiągnięcia i powojenny rozwój Ptaszkowej są zasługą społeczeństwa, które wszelkie inicjatywy popierało pieniędzmi, robocizną czy materiałami, a najważniejsze to sercem i czasami „dobrym słowem uznania” dla grupy inicjatorów i zapaleńców, którzy chcąc pracować dla społeczeństwa są drożdżami rozwojowymi tej ziemi i nie należy ich tracić.